Die Organisationsstruktur der Gemeinde Wilnsdorf gliedert sich in die drei Fachbereiche „Bürgerdienste“, „Zentrale Dienste“ und „Gemeindeentwicklung“. In diesen Fachbereichen sind die Ämter und Einrichtungen innerhalb der Gemeinde entsprechen ihren Aufgaben und Zuständigkeiten zusammengefasst.
Dem Bürgermeister unmittelbar zugeordnet sind die Stabsstelle, die Gleichstellungsbeauftragte und die Datenschutzbeauftragte.
Die Leitung der Gemeindewerke Wilnsdorf (Wasserversorgung und Abwasserbeseitigung) obliegt für den kaufmännischen Bereich dem Kämmerer Ulrich Berghof und für den technischen Bereich dem Bauamtsleiter Martin Klöckner.