Die Organisationsstruktur der Gemeinde Wilnsdorf gliedert sich in vier Dezernate:

Dezernat 1 - Zentraler Service

• Fachdienst 1.1: Büro Bürgermeister, Kommunalverfassung, Sitzungsdienst, Wahlen, Öffentlichkeitsarbeit, Wirtschaftsförderung
• Fachdienst 1.2: Personal, Organisation, IT, sonstige zentrale Dienste

Leitung: Bürgermeister Hannes Gieseler

Dezernat 2 - Finanzen, Betriebswirtschaft, Steuern, Gebühren, Beiträge, Gebäudemanagement

• Fachdienst 2.1: Haushalt, Finanzausgleich, Steuern, Gebühren, Beiträge, Controlling, Kostenmanagement, kaufmännischer Bereich Bauhof
• Fachdienst 2.2: Zentrales Gebäudemanagement (kaufmännisch, infrastrukturell und technisch)

Leitung: Daniel Denkert

Dezernat 3 - Umwelt und Bauen, Öffentliche Einrichtungen, Liegenschaften, Umlegung

• Fachdienst 3.1: Tiefbau, Bauhof
• Fachdienst 3.2: Bauverwaltung, Liegenschaften
• Fachdienst 3.3: Stadtplanung, Bauordnung, Umwelt- und Klimaschutz

Leitung: Martin Klöckner

Dezernat 4 - Bürgerdienste, Schulen, Kultur, Sport, Soziales, Museum

• Fachdienst 4.1: Schulen, Kultur, Sport
• Fachdienst 4.2: Sicherheit und Ordnung, ÖPNV, Bürgerbüro, Brand-, Zivil- und Katastrophenschutz, Standesamt
• Fachdienst 4.3: Museum
• Fachdienst 4.4: Integration, Soziales, Jugend, Senioren

Leitung: Johannes Schneider

Die Leitung der Gemeindewerke Wilnsdorf (Wasserversorgung und Abwasserbeseitigung) obliegt Dezernent Martin Klöckner für den technischen Bereich sowie Andreas Junker für den kaufmännischen Bereich.

Dem Bürgermeister unmittelbar zugeordnet sind die Gleichstellungsbeauftragte und der Bereich Datenschutz.